Manuel Günther begann seine künstlerische Laufbahn als Mitglied des Internationalen Opernstudios der Hamburgischen Staatsoper und Ensemblemitglied der Bayerischen Staatsoper München.
Weiterhin gastierte der Tenor bereits an renommierten Opernhäusern wie der Staatsoper Unter den Linden und der Komischen Oper Berlin, der Semperoper Dresden, dem Théâtre des Champs Elysées Paris, dem Grand Théâtre de Genève, dem Theater an der Wien, dem Polnischen Nationaltheater (Teatr Wielki) Warschau, der Opera Vlaanderen Antwerpen/Gent sowie bei den Salzburger Festspielen (Young Singers Project), der Glyndebourne Festival Opera und dem Festival der Alten Musik Innsbruck.
Dabei sang er ein breitgefächertes Repertoire, zu welchem Tamino ("Die Zauberflöte"), Don Ottavio ("Don Giovanni"), Il Conte d’Almaviva ("Il barbiere di Siviglia"), Pedrillo ("Die Entführung aus dem Serail"), Osman (Händels "Almira"), Baron Kronthal ("Der Wildschütz"), Tanzmeister, Brighella und Scaramuccio ("Ariadne auf Naxos"), Steuermann ("Der fliegende Holländer") sowie zahlreiche kleinere Opernpartien zählen.
Ebenso ist Manuel Günther im Oratoriums- und Konzertbereich erfolgreich tätig und arbeitete dabei mit Dirigent*innen wie Simone Young, Daniele Gatti, Kent Nagano, Alessandro De Marchi, Rafael Frühbeck de Burgos und Cornelius Meister zusammen.
Zu Gast war er bereits in der Elbphilharmonie Hamburg, den Philharmonien Berlin und Dresden, im Gewandhaus Leipzig, im Brucknerhaus Linz sowie in den Musikvereinen Wien und Graz.
Bekannte Oratorien wie Mendelssohns "Elias" und "Paulus", Händels "Messias", Bachs "Johannespassion", "Matthäuspassion" und "Weihnachtsoratorium" sowie "Die Schöpfung" und "Die Jahreszeiten" von Joseph Haydn gehören zu seinem festen Repertoire.
Kommende Verpflichtungen führen den Tenor u. a. zu den Bregenzer Festspielen, ans Theater St. Gallen sowie zurück an die Hamburgische Staatsoper, das Aalto-Theater Essen und das Theater Magdeburg.