Jānis Apeinis studierte an der lettischen Musikakademie Jāzeps Vītols und erhielt 2004 seinen Master-Abschluss. Er bekam verschiedene Preise, so war er 2004 Preisträger beim Jāzeps-Vītols-Gesangswettbewerb und wurde in den Jahren 2008, 2011 sowie 2012 mit dem Latvijas Gaze Award als "Bester Opernsänger" ausgezeichnet.
2003 gab er sein Bühnendebüt an der Lettischen Nationaloper, der er als Bariton angehört. Als Gast war Jānis Apeinis 2008 am Tiroler Landestheater in der Titelrolle von "Eugen Onegin" zu erleben und kehrte 2010 als Carlo Gérard ("Andrea Chénier") dorthin zurück. Ab 2013 war er am Mikhailovsky Theater in St. Petersburg in der Titelrolle von "Eugen Onegin" zu sehen – die Produktion wurde mit zwei Goldenen Masken für die "Beste Opernproduktion" und die "Beste Regie" ausgezeichnet. Er ist außerdem regelmäßiger Gast am Theater Vanemuine in Tartu, Estland. 2017 spielte er Silvio ("Pagliacci") am Théâtre d'Opérette de Lyon, 2020 sang er Enrico Ashton ("Lucia di Lammermoor") am Theater Koblenz.
Zu seinem Repertoire gehören zudem die Titelrollen in "Simon Boccanegra" und "Don Giovanni", Escamillo ("Carmen"), Scarpia ("Tosca"), Marcello ("La bohème"), Sharpless ("Madama Butterfly"), Valentin ("Faust"), Marquis de la Force ("Dialogues des Carmélites"), Lescaut ("Manon Lescaut"), Conte di Luna ("Il trovatore"), Tonio ("Pagliacci"), Malatesta ("Don Pasquale"), Conte ("Le nozze di Figaro"), Figaro ("Il barbiere di Siviglia"), Jelezki ("Pique Dame"), Eisenstein ("Die Fledermaus") und zwei zeitgenössische Rollen in E. Ešenvalds Opern "Joseph is a Fruitful Bough" und "The Immured".

Im Herbst 2022 wird Jānis Apeinis als Renato in "Un ballo in maschera" am Aalto-Theater in Essen auftreten.